Ankstyvuosiuose (1970 -1980) darbuose jo braižas primena heraldikai būdingą formos grynumo siekį - figūros suvestos iki dėmių, vaizdas konstruojamas iš silueto ir spalvos kontrastų. Kaip apibūdino meno kritikas Alfonsas Andriuškevičius, Vilučio estampas yra orus, rūstokas, iškilmingas, čia svarbi pirmapradė jėga ir šiurkštokas tiesumas. Anot kritiko, šio laikotarpio kūrinių forma siekė oponuoti susmulkėjimui ir saloniniam dekoratyvumui, jai nusakyti labiau tinka žodžiai: lakoniška, konstruktyvi, monumentali. Darbuose dominuoja žmogaus figūra, pasikartoja piramidinė kompozicija.
Vėlesni kūriniai (1980-1990) yra sudėtingesnių kompozicijų. Anksčiau buvusi plokščia, beorė erdvė, dabar prisotinta spalvos gylio su perėjimais, piešinys koliažiškas - t.y. vienoje figūroje derinamas skirtingo pobūdžio braižas - nuo apibendrintų dėmių iki natūralistiškų detalių dar įvedant kelis ornamentų plotus.
Atsiradus kompiuterinės grafikos galimybėms, grafikas leido sau pabūti ir barokiškai eklektišku - lydė į vienį daugybę dekoratyvių detalių, simbolių, naujaip interpretavo klasikines kompozicijas. Paskutiniuose darbuose, regis, pasigedęs grynumo grįžta prie nuosaikesnės raiškos, spalvą iškeičia į paprasčiausią pieštuką. Tačiau linijos išlieka manieringos (piešinio efektingumas kraštutinis), o žmogaus figūros tipažas, regis, vis dar pasiskolintas iš renesanso grafikos. Menininkas meistriškai kergia geometrines figūras su natūralistiniu (auto)portretu ir stilizuotomis figūromis. „Man įtakos turėjo daugelis menininkų, epochų (renesansas). Liaudies primityvusis menas - lakonišku pasakymu menine kalba to, ką norima pasakyti. Pikaso asmenybė, laisvė, drąsa ir galia tvarkyti savo pasaulį taip, kaip jam norisi, darė man didžiausią įspūdį.", - teigė menininkas.
Anot grafiko, „kūryba yra keitimas to, kas yra, kompensavimas to, ko žmogui trūksta". Kūrybos varikliu įvardina nepasitenkinimą savimi, kompleksus. Vilutis nesutinka savo kūrybos vaizdinijos sieti su siurrealizmo kūrybos metodais (pasąmonės srautas, laisvų asociacijų principas), kūrybos procesas jam susijęs su intelekto ir vaizduotės darbu (pačia asmenybe) nemažiau nei su gebėjimu meistriškai piešti. Menininkas sakosi: „pradedu piešti tik tada, kai galvoje turiu visą kūrinio vaizdą".
Mikalojus Vilutis kuria ne tik estampus, bet ir taikomosios grafikos darbus: plakatus, knygų iliustracijas. Grafikas vadinamas serigrafijos (arba šilkografijos) pradininku Lietuvoje. Šia technika dažniausiai ir kuria. Šalia grafikos, menininkas mėgsta reikštis raštu. Jo tekstų skirtų dailės, kultūros ir asmeninio pobūdžio apmąstymams galima aptikti įvairiuose kultūrai skirtuose leidiniuose. Tačiau skirtingai nei, pavyzdžiui, kolegos Petro Repšio atspauduose, tekstas su vaizdu estampuose jungiamas itin retai.